V roce 1969 musel přerušit stáž na Cornellské univerzitě v USA a vrátit se do napjaté atmosféry v okupovaném Československu. S nástupem normalizace ČSAV přestala mít o sice velmi nadaného a pracovitého, avšak nepokrytě nemarxistického ekonoma zájem a Václav Klaus musel odejít.
Dalších šestnáct let strávil ve Státní bance československé. Roku 1987 začal opět pracovat v ČSAV, tentokrát v Prognostickém ústavu, kde se zabýval především problematikou měny, inflace a ekonomických reforem v tehdejších socialistických zemích.
V listopadu 1989 se stal jedním ze zakladatelů Občanského fóra a účastnil se prvních politických jednání mezi opozicí a oficiálními představiteli státní moci. V první postkomunistické vládě ČSFR působil jako ministr financí, od června roku 1990 byl poslancem Federálního shromáždění nejprve za OF, jehož byl předsedou od října 1990 do února 1991, a od dubna téhož roku za Občanskou demokratickou stranu, jejíž vznik inicioval a jejímž předsedou se stal.
Od října 1991 vykonával funkci místopředsedy vlády a od července 1992 je předsedou vlády České republiky. Jako mezinárodně uznávaný ekonom získal řadu čestných doktorátů a vysokých ocenění a zasloužil se o vzrůst prestiže České republiky ve světě.