Do parlamentních voleb 1990 šla SZ samostatně, pětiprocentní hranici se jí však překonat nepodařilo. Ve volbách 1992 kandidovali zelení spolu se Zemědělskou stranou a Československou stranou socialistickou na kandidátce Liberálně sociální unie (LSU). Díky tomuto seskupení se 3 zástupci SZ dostali do tehdejší ČNR.
22. listopadu 1993 rozhodl celostátní výbor strany o vystoupení SZ z LSU, přičemž 3 poslanci SZ i nadále setrvali v poslaneckém kubu LSU - z něho vystoupili až v roce 1994. V komunálních volbách v roce 1994 Strana zelených neuspěla. V prosinci 1994 se konal v Černé v Pošumaví na Českokrumlovsku celostátní sjezd strany; zde byl předsedou potvrzen Jaroslav Vlček, který na tento post nastoupil v roce 1992 po Aleši Muchovi. V říjnu 1995 Jaroslav Vlček odešel ze SZ k sociálním demokratům a na jeho místo zvolil výkonný výbor strany Emila Zemana.
Strana zelených je mimoparlamentní strana, která se hlásí ke středu politického spektra. Vrcholným orgánem strany je celostátní sjezd, v období mezi sjezdy celostátní výbor strany. Předsedou SZ je v současné době Emil Zeman. Do voleb 1996 jde SZ se samostatnou kandidátkou.
V polovině ledna 1996 jednal Emil Zeman s Jiřím Dientsbierem, který nabídl zeleným místa na kandidátkách SD-LSNS. Tuto spolupráci předseda SZ odmítl. Naopak na kandidátce SZ kandidují někteří členové Nezávislé iniciativy (dřívější NEI - Nezávislé erotické iniciativy) v čele s Radimem Uzlem - oba subjekty spojují například stejné názory na plánované rodičovství i na drogovou problematiku. Podle slov předsedy SZ Emila Zemana se chce strana samostatnou kandidaturou pokusit zabránit své likvidaci. Nechce se prezentovat pouze jako strana ekologická, ale chce řešit všechny problémy v naší společnosti.
Podle výzkumů dubnových volebních preferencí by SZ volilo podle STEM 0,6% voličů, podle FACTUM 4,1% voličů a podle IVVM 0,5% voličů.
PRAHA (ČTA) Miroslava Zaisová